Le partenariat pédagogique international opéré par l'académie avec les plus grands organismes internationaux et les écoles de l'aviation de renommée, confère dores et déjà une reconnaissance internationale à l'académie.
Depuis la création de son institut de sûreté en tant que centre sous régional relevant directement du siège de l'organisation à Montréal.
L'Académie a reçue également l'agrément de l'OACI en tant que premier centre francophone du réseau TRAINAIR.
- Le fond ACI pour le développement des aéroports a donné également son label à l'académie en reconnaissance de ces capacités d'organisation de cours et de séminaires internationaux.
- l'Ecole Nationale de l'Aviation Civile de Toulouse (ENAC) est liée à l'académie par une convention de partenariats, faisant de l'ENAC un partenaire très actif dans le domaine de la formation en sécurité de la navigation aérienne notamment.
- l'Académie de l'Aviation Civile Fédérale Américaine(FAA) est liée à l'académie de l'ONDA par un accord de partenariat, qui prévoit notamment le développement en commun de supports pédagogiques multimédia et la mise en place d'un réseau satelitaire d'enseignement interactif à distance.
L'académie a été choisie par l'université Colombia de Montréal pour la mise en oeuvre d'un centre régional à Casablanca pour assurer une formation de niveau MBA dans les domaines du management de l'aviation civile.
Parmi les autres partenaires privilégiés de l'académie Mohammed VI, nous trouvons, l'Institut d'EUROCONTROL, l'institut de formation canadien (IIFGEA) ainsi que le Centre de formation d'Aéroports de Paris...
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